เหตุการณ์ 6 ตุลา เป็นเหตุการณ์ จลาจลและปราบปรามนักศึกษาและผู้ประท้วงในและบริเวณหน้ามหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ท่าพระจันทร์ และท้องสนามหลวง ขณะที่นักศึกษาจากหลายมหาวิทยาลัยกำลังชุมนุมประท้วงการเดินทางกลับประเทศของจอมพล ถนอม กิตติขจร อดีตนายกรัฐมนตรี ที่สนามฟุตบอลมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ โดยสถิติอย่างเป็นทางการระบุว่า มีผู้เสียชีวิต 46 คน ซึ่งมีทั้งถูกยิงด้วยอาวุธปืน ถูกทุบตี หรือถูกทำให้พิการ
หนึ่งวันก่อนเหตุการณ์ มีการตีพิมพ์ภาพถ่ายการแขวนคอจำลองโดยผู้ประท้วงมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ในสื่อ สำหรับหลายฝ่าย นักศึกษาในภาพถ่ายนั้นเหมือนกับกำลังแขวนคอหุ่นจำลองสมเด็จพระบรมโอรสาธิราช เจ้าฟ้ามหาวชิราลงกรณ สยามมกุฎราชกุมาร เป็นผลให้กำลังกึ่งทหารที่โกรธแค้นมาชุมนุมกันนอกมหาวิทยาลัยในเย็นนั้น
พลตำรวจโท ชุมพล โลหะชาละ รองอธิบดีกรมตำรวจ สั่งการโจมตีในรุ่งเช้าและอนุญาตให้ยิงอย่างเสรีในวิทยาเขต คณะผู้ยึดอำนาจการปกครอง นำโดย พลเรือเอก สงัด ชลออยู่ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงกลาโหม ยึดอำนาจทันทีหลังสิ้นสุดเหตุการณ์ สมาชิกของคณะผู้ยึดอำนาจการปกครองนั้นมีความคิดสายกลางกว่า กลุ่มของพลตรี ประมาณ อดิเรกสาร และความสัมพันธ์ระหว่างทั้งสองกลุ่ม ยังเป็นที่เข้าใจไม่มากนัก คณะผู้ยึดอำนาจการปกครองแต่งตั้งธานินทร์ กรัยวิเชียร ผู้ต่อต้านคอมมิวนิสต์ที่ยึดมั่นในหลักการ และผู้ที่พระมหากษัตริย์โปรด เป็นนายกรัฐมนตรี
ก่อนปี 2516 ทหารครอบงำรัฐบาลมานานหลายทศวรรษ เมื่อวันที่ 14 ตุลาคม 2516 เกิดเหตุการณ์ 14 ตุลา มีการเดินขบวนเรียกร้องรัฐธรรมนูญฉบับใหม่ เป็นผลให้จอมพล ถนอม กิตติขจร จอมพล ประภาส จารุเสถียร และพันเอก ณรงค์ กิตติขจร ต้องหนีออกนอกประเทศและทำให้ประเทศขาดผู้นำ องคมนตรี สัญญา ธรรมศักดิ์ ขึ้นดำรงตำแหน่งนายกรัฐมนตรีในเดือนธันวาคม 2517 ผู้คบคิดรัฐประหารนำจอมพลถนอมเดินทางกลับประเทศไทย แต่เขาต้องออกนอกประเทศแทบทันที เพราะมติมหาชนคัดค้านการหวนกลับของระบอบทหารในขณะนั้นอย่างหนักแน่น
ช่วงปี 2518 ถึง 2519 หม่อมราชวงศ์เสนีย์ ปราโมช และหม่อมราชวงศ์คึกฤทธิ์ ปราโมช ผลัดกันดำรงตำแหน่งนายกรัฐมนตรี พรรครัฐบาลขาดเสียงข้างมากในสภา รัฐบาลจึงขาดเสถียรภาพ ภาวะเศรษฐกิจตกต่ำระหว่างประเทศและการเติบโตของการเคลื่อนไหวนักศึกษานำไปสู่การนัดหยุดงานประท้วงและการประท้วงของชาวนามากขึ้นอีก ด้านสถานการณ์โลกในขณะนั้น สงครามเย็นก็กำลังดำเนินอยู่ ประเทศเพื่อนบ้าน คือ ลาว เวียดนาม และกัมพูชา ล้วนเปลี่ยนไปเป็นลัทธิคอมมิวนิสต์ จึงทำให้เกิดความหวาดกลัวลัทธิคอมมิวนิสต์
การยึดเวียดนามใต้ของคอมมิวนิสต์หลังไซ่ง่อนแตกในเดือนเมษายน 2518 และโดยเฉพาะอย่างยิ่ง การยึดอำนาจของขบวนการปะเทดลาวอันเป็นคอมมิวนิสต์ในประเทศลาวในเดือนมิถุนายนปีเดียวกันมีผลใหญ่หลวงต่อมติมหาชนของไทย หลายฝ่ายเกรงว่าประเทศไทยจะเป็นเป้าหมายต่อไปของคอมมิวนิสต์ และรู้สึกว่า นักเคลื่อนไหวฝ่ายซ้ายกำลังช่วยเหลือข้าศึก ในเดือนสิงหาคม ตำรวจกรุงเทพมหานครอาละวาดผ่านมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ เป็นการฝึกซ้อมการสังหารหมู่ในภายหลัง รัฐประหารเป็นไปไม่ได้ตราบเท่าที่หม่อมราชวงศ์คึกฤทธิ์ยังได้รับการหนุนหลังจากพลเอก บุญชัย บำรุงพงศ์ ผู้บัญชาการทหารบก ผู้อยู่ในอุปถัมภ์ของพลเอก กฤษณ์ สีวะรา ซึ่งเป็นวีรบุรุษที่ได้รับความนิยมจากบทบาทของเขาในเหตุการณ์ 14 ตุลา 2516
เดือนมกราคม 2519 เป็นเดือนแห่งกลียุค การนัดหยุดงานและการชุมนุมขนาดใหญ่ซึ่งเป็นเหตุให้นายกรัฐมนตรีขาดเสียงข้างมากในสภา ชวนให้นายทหารที่เคยถือรัฐธรรมนูญนิยมหลายคนมองว่า รัฐประหารอาจจำเป็นเพื่อฟื้นฟูเสถียรภาพ ราคาข้าวที่สูงขึ้นเป็นชนวนการนัดหยุดงานทั่วไป หม่อมราชวงศ์คึกฤทธิ์ยอมตามข้อเรียกร้องของสหภาพ ทำให้ฝ่ายขวาเดือดดาล การชุมนุมจำนวน 15,000 คน ซึ่งจัดโดยกลุ่มกึ่งทหาร นวพล และรัฐมนตรีว่าการกระทรวงกลาโหม พลตรีประมาณ เรียกร้องให้หม่อมราชวงศ์คึกฤทธิ์ส่งมอบอำนาจคืนแก่ทหาร การชุมนุมดังกล่าวนำโดย พระกิตติวุฒโฑ พระภิกษุเจ้าของวาทะ "ฆ่าคอมมิวนิสต์ ไม่บาป" กลุ่มสมาชิกรัฐสภาเสรีนิยมจากพรรคประชาธิปัตย์แตกกับรัฐบาลผสมและเข้ากับฝ่ายค้านซึ่งเป็นฝ่ายซ้าย พลเอกบุญชัยคัดค้านความคิดรัฐบาลผสมเอียงซ้าย ซึ่งบีบให้หม่อมราชวงศ์คึกฤทธิ์ยุบสภาและจัดการเลือกตั้งใหม่กำหนดมีขึ้นวันที่ 4 เมษายน ซึ่งกระชั้นเกินไปแม้สำหรับนายทหารสายกลาง ตัวอย่างรัฐบาลผสมเอียงซ้ายของลาวที่พ่ายต่อคอมมิวนิสต์ยังสดใหม่ พลเรือเอกสงัด ผู้บัญชาการทหารสูงสุด จึงยื่นแผนรัฐประหาร
ตรงข้ามกับพรรคพวกของพลเอกกฤษณ์/พลเรือเอกสงัด กลุ่มของพลตรีประมาณ รวมเอาผู้คบคิดซึ่งไม่เคยยอมรับการปกครองแบบรัฐสภาหรือผู้ปลดจอมพลถนอม อันได้แก่ สมาชิกพรรคประชาธิปัตย์ฝ่ายขวา พรรคชาติไทย และนายทหารแห่งกองอำนวยการรักษาความมั่นคงภายในราชอาณาจักร (กอ.รมน.) อย่างสมบูรณ์ แผนสมคบรัฐประหารทั้งสองจะดำเนินเป็นเอกเทศต่อกันในช่วงอีกไม่กี่เดือนต่อมา อันเป็นการกำเนิดใหม่ของการแบ่งฝ่ายในกองทัพระหว่างพลเอกกฤษณ์กับจอมพลถนอมในปี 2516
พรรคชาติไทยของพลตรีประมาณใช้คำขวัญ "ขวาพิฆาตซ้าย" ลงเลือกตั้งในเดือนเมษายน มีการฆ่าคน 30 ครั้งที่เกี่ยวข้องกับการเลือกตั้งครั้งนี้ พรรคประชาธิปัตย์ซึ่งได้รับการหนุนหลังจากทั้งพลเอกกฤษณ์และสถานเอกอัครราชทูตสหรัฐอเมริกาคว้าที่นั่งในสภาได้ถึงร้อยละ 40 ทำให้หัวหน้าพรรค หม่อมราชวงศ์เสนีย์ กลับเป็นนายกรัฐมนตรีอีกสมัยพรรคกิจสังคมของหม่อมราชวงศ์คึกฤทธิ์กลับเป็นฝ่ายค้าน ขณะที่พรรคฝ่ายซ้ายแทบไม่ได้รับเลือกตั้งเข้ามาเลย พลเอกกฤษณ์เสียชีวิตอย่างไม่คาดฝันด้วยอาการหัวใจล้มเมื่อวันที่ 28 เมษายน 2519 เพียงหนึ่งสัปดาห์หลังได้รับเสนอชื่อเป็นรัฐมนตรีว่าการกระทรวงกลาโหมในรัฐบาลหม่อมราชวงศ์เสนีย์ และผู้ที่รับตำแหน่งแทน คือ พลเอก ทวิช เสนีย์วงศ์ ณ อยุธยา สมาชิกพรรคพวกของพลตรีประมาณ เนื่องจากรัฐมนตรีว่าการกระทรวงกลาโหมจะเลือกผู้บัญชาการทหารบกคนใหม่เมื่อพลเอกบุญชัยเกษียณในอีกห้าเดือนข้างหน้า ตำแหน่งนี้จึงสำคัญมาก ในเดือนสิงหาคม พลเอกทวิชจัดการให้จอมพลประภาสเดินทางกลับประเทศไทยช่วงสั้น ๆ เพื่อทดสอบมติมหาชน โดยอาศัยปฏิกิริยาดังกล่าว พลตรีประมาณตัดสินใจนำจอมพลถนอมกลับประเทศด้วยหวังจุดชนวนการเดินขบวนประท้วงซึ่งอาจใช้เป็นข้ออ้างรัฐประหารได้ หม่อมราชวงศ์เสนีย์พยายามดักการคบคิดเพิ่มเติมโดยถอดพลเอกทวิชจากตำแหน่งรัฐมนตรีว่าการกระทรวงกลาโหม สมัคร สุนทรเวช รัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงมหาดไทย ซึ่งเป็นหนึ่งในผู้คบคิดรัฐประหาร วิจารณ์หม่อมราชวงศ์เสนีย์อย่างรุนแรงในการเคลื่อนไหวนี้โดยระเบิดอารมณ์ขัดระเบียบการของรัฐสภา การปลดสมัครมีขึ้นตามมาในวันที่ 23 กันยายน
ด้วยมุมมองที่ว่า นักศึกษาเป็นฝ่ายสืบรับอุดมการณ์สังคมนิยม ชนชั้นปกครองไทยจึงดำเนินการทางลับเพื่อบ่อนทำลายขบวนการนิสิตนักศึกษา โดยสลายฝ่ายนักเรียนอาชีวศึกษาออกมา แล้วจัดตั้งเป็นกลุ่มพลังต่าง ๆ เช่น กระทิงแดง นวพล ค้างคาวไทย เป็นต้น โดยมุ่งตั้งตนเป็นปรปักษ์กับกลุ่มนักศึกษามหาวิทยาลัย มีการยกกำลังเข้าทำร้ายนักศึกษาและทำลายสถานที่ถึงภายในมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์หลายครั้ง ในเวลาไล่เลี่ยกัน ยังมีการจัดตั้งกลุ่มพลังอื่น ๆ เช่น ชมรมแม่บ้าน นำโดย วิมล ศิริไพบูลย์ นามปากกา "ทมยันตี" หรือลูกเสือชาวบ้าน เป็นต้น โดยมีชมรมวิทยุเสรี เป็นสื่อกลางชี้นำกลุ่มพลังเหล่านี้ ซึ่งสถานีวิทยุยานเกราะอันเป็นเครือข่ายของกองทัพบกเป็นแม่ข่าย และผู้จัดรายการคือ พลโท อุทาร สนิทวงศ์ ณ อยุธยา, อาคม มกรานนท์, ทมยันตี, สมัคร สุนทรเวช, อุทิศ นาคสวัสดิ์ เป็นต้น
กลุ่มกองกำลังอาสาสมัครฝ่ายขวาหลายกลุ่มมีบทบาทสำคัญเป็นผู้ก่อการสังหารหมู่นักศึกษามหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ตำรวจตระเวนชายแดนติดอาวุธและฝึกกลุ่มเหล่านี้เมื่อปลายปี 2517 เพื่อเตรียมการปราบปรามรุนแรง พอล แฮนด์ลีย์ ผู้ประพันธ์ เดอะคิงเนเวอร์สไมส์ อธิบายสถานการณ์นั้นว่าเป็น "ลัทธิศาลเตี้ยเกี่ยวกับเจ้า" (royal vigilantism)ใจ อึ๊งภากรณ์ นักเขียนมาร์กซิสต์ เปรียบเทียบกลุ่มเหล่านี้กับกลุ่มกึ่งทหารฟาสซิสต์ในยุโรปช่วงทศวรรษ 1930
ขบวนการนวพลก่อตั้งขึ้นในปี 2517 โดย วัฒนา เขียววิมล และใช้คำขวัญว่า "ชาติ-ศาสนา-พระมหากษัตริย์" ชื่อนี้ยังหมายถึง พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช กลุ่มลับนี้มีสมาชิกราว 50,000 คนราวกลางปี 2518 กองอำนวยการรักษาความมั่นคงภายในราชอาณาจักรให้ความช่วยเหลือทางทหารอย่างลับ ๆ และดำเนินการฝึกซ้อมอย่างทหารขั้นก้าวหน้าแก่สมาชิกที่วิทยาลัยจิตตภาวัน โรงเรียนสอนศาสนาพุทธในจังหวัดชลบุรี ซึ่งก่อตั้งโดยพระภิกษุฝ่ายขวา พระกิตติวุฒโฑ กล่าวกันว่า การฝึกนี้รวมการฝึกการลอบสังหารด้วย และคาดว่าการฆ่านักเคลื่อนไหวฝ่ายซ้ายจำนวนหนึ่งเป็นฝีมือของขบวนการนวพล ธานินทร์ นายกรัฐมนตรีหลังรัฐประหาร ยังเป็นสมาชิกอาวุโสของกลุ่มนี้ด้วย
ขบวนการกระทิงแดงก่อตั้งขึ้นในปี 2517 โดย พันเอกพิเศษ สุตสาย หัสดิน นายทหารกองอำนวยการรักษาความมั่นคงภายในราชอาณาจักร กลางปี 2518 กลุ่มนี้มีสมาชิก 25,000 คน ส่วนใหญ่เป็นนักศึกษาอาชีวะ ซึ่งเคยมีบทบาทสำคัญในการเดินขบวนประท้วงจอมพลถนอม แต่บัดนี้แตกกับนักศึกษาฝ่ายซ้ายเพราะรับแนวคิดคอมมิวนิสต์มาอย่างชัดเจน ขบวนการกระทิงแดงเป็นกองเยาวชนของขบวนการนวพล สีแดงเป็นสีของธงชาติไทยเดิม และถูกมองว่าเป็นสัญลักษณ์ของความรักชาติในธงชาติปัจจุบัน กลุ่มประกาศว่าคำขวัญคือ "แนวร่วมต่อต้านจักรวรรดินิยมคอมมิวนิสต์" คล้ายกับเอสเอในประเทศเยอรมนีช่วงทศวรรษ 1930 สมาชิกขบวนการกระทิงแดงปลุกปั่นการต่อสู้ระหว่างนักเคลื่อนไหวฝ่ายซ้ายกับสหภาพแรงงาน ในเดือนกุมภาพันธ์ 2519 ขบวนการกระทิงแดงโยนระเบิดใส่การประท้วงฝ่ายซ้าย เป็นเหตุให้มีนักศึกษาเสียชีวิต 4 คน พระมหากษัตริย์ทรงเคยทดสอบยิงอาวุธของขบวนการกระทิงแดงครั้งหนึ่ง ซึ่งเป็นเหตุการณ์ที่มีเผยแพร่กว้างขวาง
ลูกเสือชาวบ้าน (หรือ กองอาสารักษาดินแดน) ก่อตั้งขึ้นในปี 2497 เพื่อจัดการรักษากฎหมายและความสงบเรียบร้อย ตลอดจนการสนองต่อเหตุฉุกเฉินหรือภัยพิบัติธรรมชาติ ได้รับการขยายในปี 2517 เมื่อกองอำนวยการรักษาความมั่นคงภายในราชอาณาจักรเข้าควบคุมลูกเสือชาวบ้าน มีการขยายเข้าไปในเขตเมืองเพื่อตอบโต้การเคลื่อนไหวทางการเมืองฝ่ายซ้าย พระบรมวงศานุวงศ์ (มักเป็นพระราชินี) เป็นผู้พระราชทานผ้าพันคอแก่ลูกเสือชาวบ้าน ณ จุดหนึ่ง ผู้ใหญ่ถึง 1 ใน 5 เคยเป็นสมาชิกลูกเสือชาวบ้าน
เบเนดิก แอนเดอร์สันชี้ลักษณะคล้ายคลึงระหว่างกลุ่มดังกล่าวและขบวนการฟาสซิสต์ 3 ข้อ ดังนี้
แอนเดอร์สันยังชี้เหตุที่ชนชั้นกลางเปลี่ยนจากสนับสนุนประชาธิปไตยมาสนับสนุนเผด็จการและความรุนแรง ดังนี้
เมื่อผู้เดินขบวนฝ่ายซ้ายยึดมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ องค์การหลักที่ประสานกิจกรรม คือ ศูนย์นิสิตนักศึกษาแห่งประเทศไทยและสภาองค์การลูกจ้างสภาแรงงาน (Federation of Trade Unions)
ราวกลางปี 2519 มีข่าวว่า จอมพล ประภาส จารุเสถียร จะเดินทางโดยเครื่องบินจากสาธารณรัฐจีน (ไต้หวัน) สู่ประเทศไทย ฝ่ายนักศึกษามหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์จัดให้มีการชุมนุมต่อต้าน โดยจอมพลประภาสกลับประเทศในวันที่ 21 สิงหาคม โดยอ้างว่า ต้องการกลับประเทศในฐานะของคนแก่คนหนึ่งเท่านั้น ส่วนกลุ่มนักเรียนอาชีวศึกษาก็ยกกำลังเข้าปะทะกับกลุ่มนักศึกษาถึงที่ชุมนุมภายในมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ จนมีผู้เสียชีวิต 2 คน บาดเจ็บอีก 60 คน วันต่อมา จอมพลประภาสเข้าเฝ้าฯ พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช แล้วเดินทางกลับไปพำนักที่ไต้หวันตามเดิม
สมัคร สุนทรเวช พระสหายที่พระราชินีไว้วางพระทัย บินไปยังประเทศสิงคโปร์และบอกแก่จอมพลถนอมว่า พระราชวังอนุญาตให้เขาเดินทางกลับประเทศไทย เมื่อวันที่ 7 กันยายน มีการอภิปรายในหัวข้อ "ทำไมจอมพล ถนอม จะกลับมา" ที่มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ผู้อภิปรายหลายคนสรุปว่า ส่วนหนึ่งเป็นแผนการที่วางไว้เพื่อวางแผนรัฐประหาร เมื่อจอมพลถนอมเดินทางกลับในวันที่ 19 กันยายน เขาปฏิเสธแรงจูงใจทางการเมือง และกล่าวว่า เขามาประเทศไทยเพียงเพื่อสำนึกความผิดที่เตียงบิดาผู้เสียชีวิตเท่านั้น เขาอุปสมบทเป็นภิกษุที่วัดบวรนิเวศวิหาร เป็นวัดซึ่งสัมพันธ์กับราชวงศ์อย่างใกล้ชิด พิธีการถูกปิดอย่างไม่ชอบด้วยกฎหมายเพื่อเลี่ยงการคัดค้านการบวชและกลุ่มกระทิงแดงล้อมวัดไว้ จากนั้นมีวิทยุยานเกราะตักเตือนมิให้นักศึกษาก่อความวุ่นวาย มิฉะนั้นอาจต้องมีการประหารชีวิตสัก 30,000 คนเพื่อให้บ้านเมืองรอดปลอดภัย มีการคัดค้านสถานะภิกษุของจอมพลถนอม ปรากฏว่า สมเด็จพระสังฆราชก็ยอมรับว่าการบวชไม่ถูกต้อง วันที่ 23 กันยายน หม่อมราชวงศ์เสนีย์ไม่อาจจัดการอะไรได้ จึงขอลาออก และเมื่อเวลา 21.30 น. พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวและสมเด็จพระราชินีนาถเสด็จไปวัดบวรนิเวศ ระหว่างการเยือน คุณหญิง เกษหลง สนิทวงศ์ นางสนองพระโอษฐ์สมเด็จพระราชินีนาถ แถลงว่า สมเด็จพระราชินีทราบว่าจะมีคนมาเผาวัด "ขอให้ประชาชนช่วยกันดูแลป้องกัน อย่าให้ผู้ใจร้ายมาทำลายวัด" วันที่ 24 กันยายน 2519 สมัครแถลงว่า "การที่พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวเสด็จวัดบวรนิเวศกลางดึกแสดงให้เห็นว่า พระองค์ต้องการให้พระถนอมอยู่ในประเทศต่อไป" และเมื่อวันที่ 26 กันยายน พระกิตติวุฒโทแถลงย้ำว่า "การบวชของพระถนอมครั้งนี้ได้กราบบังคมทูลขออนุญาตจากพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว รวมทั้งขอเข้ามาในเมืองไทยด้วย ดังนั้นพระถนอมจึงเป็นผู้บริสุทธิ์" นักศึกษาประท้วงการกลับของจอมพลถนอมที่สนามหลวงในวันที่ 30 กันยายน แต่ไม่นานการประท้วงย้ายไปยังมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ วิทยาเขตท่าพระจันทร์ใกล้เคียงแทน มหาวิทยาลัยยกเลิกการสอบและปิดวิทยาเขต ด้วยหวังไม่ให้เกิดเหตุตำรวจอาละวาดซ้ำรอยเมื่อปีกลาย ทว่า ผู้เดินขบวนพังประตูเข้าไปยึดวิทยาเขตและยึดพื้นที่ประท้วง สหภาพแรงงานสี่สิบสามแห่งเรียกร้องให้รัฐบาลเนรเทศจอมพลถนอมมิฉะนั้นจะนัดหยุดงานทั่วไป การประท้วงคราวนี้ยิ่งกว่าคราวที่จอมพลประภาสกลับมาเสียอีก ส่วนฝ่ายรัฐบาลเห็นควรยับยั้งไว้ โดยมอบหมายให้ประสิทธิ์ กาญจนวัฒน์และดำรง ลัทธพิพัฒน์เป็นผู้แทนเจรจา แต่ก็ไม่เป็นผล ทั้งนี้ นายกรัฐมนตรีให้ความเห็นส่วนตัวว่า ตามมาตรา 47 ของรัฐธรรมนูญปี 2517 รัฐบาลไม่อาจเนรเทศบุคคลสัญชาติไทยหรือไม่ให้กลับสู่ประเทศไทยได้ ในวันที่ 1 ตุลาคม ฝ่ายขวารวมกันออกแถลงการณ์ว่า "ได้ปรากฏแน่ชัดแล้วว่า ศูนย์กลางนิสิตนักศึกษาแห่งประเทศไทย นักศึกษา สภาแรงงานแห่งประเทศไทยและนักการเมืองฝ่ายซ้ายถือเอาพระถนอมมาเป็นเงื่อนไขสร้างความไม่สงบขึ้นภายในประเทศชาติถึงขั้นจะก่อวินาศกรรมทำลายวัดบวรนิเวศวิหาร และล้มล้างรัฐบาล เรื่องนี้กลุ่มต่าง ๆ ดังกล่าวประชุมลงมติว่า จะร่วมกันปกป้องวัดบวรนิเวศทุกวิถีทางตามพระราชเสาวนีย์"
ทว่าในระยะแรก การชุมนุมต่อต้านของฝ่ายนิสิตนักศึกษาที่ลานโพ หน้าอาคารคณะศิลปศาสตร์ กลับมีประชาชนทั่วไปเข้าร่วมไม่มากเมื่อเทียบกับเมื่อครั้งเหตุการณ์ 14 ตุลา แม้จะมีกิจกรรมแสดงละครล้อการเมืองเพื่อเรียกความสนใจให้ผู้เข้าร่วมชุมนุม กิจกรรมต่อต้านหนึ่งของนิสิตนักศึกษาคือการปิดโปสเตอร์แสดงจุดยืนและเชิญชวนให้เข้าร่วมการชุมนุมทั่วกรุงเทพมหานครและต่างจังหวัดทั่วประเทศ เป็นเหตุให้นักศึกษาและแนวร่วมซึ่งออกปิดโปสเตอร์ดังกล่าวถูกลอบทำร้ายบาดเจ็บหลายครั้ง จนเกิดคดีที่พนักงานการไฟฟ้า 2 คน ซึ่งร่วมปิดโปสเตอร์ประท้วงที่ตำบลพระประโทน จังหวัดนครปฐม ถูกทำร้ายจนเสียชีวิตแล้วนำศพไปแขวนคอไว้หน้าประตูทางเข้าที่ดินจัดสรรแห่งหนึ่ง แต่ตำรวจไม่สามารถจับกุมผู้กระทำความผิดได้
ช่วงบ่ายวันที่ 4 ตุลาคม ชมรมศิลปการแสดงของธรรมศาสตร์จัดแสดงละครรำลึกถึงเหตุการฆ่าคนดังกล่าวที่ลานโพ แล้วในช่วงบ่ายเปิดเวทีปราศรัยใหญ่ที่ท้องสนามหลวง ก่อนย้ายเข้าสนามฟุตบอลธรรมศาสตร์ในช่วงค่ำ วันรุ่งขึ้น หนังสือพิมพ์กรุงเทพมหานครสองฉบับ ได้แก่ บางกอกโพสต์ และ ดาวสยาม ลงภาพการแสดงล้อการแขวนคอโดยผู้เดินขบวนที่มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ เนื่องจากนักศึกษาที่แสดงเป็นเหยื่อมีใบหน้าคล้ายสมเด็จพระบรมโอรสาธิราชฯ สยามมกุฎราชกุมาร ผู้ประท้วงจึงถูกกล่าวหาว่าแขวนคอรูปจำลองพระบรมวงศานุวงศ์ บางครั้งมีการอ้างว่า ภาพถ่ายนี้ถูกตกแต่งขึ้นให้นักศึกษาคนดังกล่าวดูเหมือนสมเด็จพระบรมโอรสาธิราชฯ สยามมกุฎราชกุมาร แต่สำเนาทุกฉบับที่ยังเหลืออยู่เป็นภาพเดียวกัน จากนั้น สถานีวิทยุยานเกราะของกองทัพบก นำโดยพันโท อุทาร สนิทวงศ์และผู้ประกาศคนอื่น กล่าวหาว่า นักศึกษาหมิ่นพระบรมเดชานุภาพ และประกาศให้ "ฆ่ามัน" และ "ฆ่าพวกคอมมิวนิสต์" แม้การแสดงล้อการแขวนคอดังกล่าวจะได้รับความสนใจเป็นอันมาก แต่ถึงไม่มีการแสดงล้อนี้เกิดขึ้น ผู้บงการการสังหารหมู่ก็จะยังหาข้ออ้างอื่นได้อีก จนถึงวันที่ 5 ตุลาคม มีการชุมนุมประท้วงในอีกหลายจังหวัด เช่น จังหวัดเชียงใหม่ จังหวัดขอนแก่น จังหวัดนครราชสีมา จังหวัดสงขลา เป็นต้น เย็นนั้น มีกำลังกึ่งทหารนิยมเจ้า 4,000 คนอยู่บริเวณประตูมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ขณะที่มีนักศึกษาอยู่ภายในราว 2,000 คน ค่ำวันเดียวกัน ศูนย์กลางนิสิตนักศึกษาแห่งประเทศไทย (ศนท.) นำวิโรจน์ ตั้งวาณิชย์ และอภินันท์ บัวหภักดี ผู้แสดงเป็นศพผู้ถูกแขวนคอ มาแถลงข่าวต่อสื่อมวลชน โดยชี้แจงเหตุผลในการเลือกทั้งสองเป็นผู้แสดงว่า เป็นผู้มีรูปร่างเล็ก เมื่อหิ้วแขนขึ้นบนต้นไม้จะไม่ทำให้กิ่งไม้หักได้ง่าย เนื่องจากมีน้ำหนักเบา
ด้านหม่อมราชวงศ์เสนีย์ นายกรัฐมนตรี เรียกประชุมเจ้าหน้าที่ผู้รับผิดชอบเป็นการด่วนที่บ้านพักย่านเอกมัย โดยที่ประชุมลงความเห็นว่า ควรมีประกาศอย่างเป็นทางการของสำนักนายกรัฐมนตรีถึงเหตุการณ์ที่เกิดขึ้น และนายกรัฐมนตรีควรออกแถลงการณ์ทางโทรทัศน์เพื่อชี้แจงให้ประชาชนทราบเอง แต่เมื่อถึงเวลา กลับมีเพียงไทยทีวีสีช่อง 9 ออกอากาศเพียงสถานีเดียวเท่านั้น ส่วนไทยทีวีสีช่อง 3, กองทัพบกช่อง 5 และกองทัพบกช่อง 7 ไม่สามารถติดต่อได้ เพราะดึกแล้ว
คืนวันที่ 5 ตุลาคมต่อเนื่องถึงเช้าวันที่ 6 ตุลาคม กำลังฝ่ายต่อต้านนักศึกษาเคลื่อนขบวนไปยังบริเวณท้องสนามหลวงช่วงหน้ามหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ และเริ่มมีการปะทะกันด้วยอาวุธปืนเบา ขณะที่นายกรัฐมนตรีกำลังประชุมกับเจ้าหน้าที่ผู้รับผิดชอบ แต่การสรุปเหตุการณ์ของฝ่ายตำรวจมีความสับสน ทั้งยังมีการส่งตำรวจบางนายเข้าปะปนกับกลุ่มนักศึกษาด้วย โดยหม่อมราชวงศ์เสนีย์พยายามโทรศัพท์ติดต่อกับผู้บริหารระดับสูงของมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ได้แก่ ดร.ป๋วย อึ๊งภากรณ์ อธิการบดี และนงเยาว์ ชัยเสรี รองอธิการบดี รวมถึงรัฐมนตรีว่าการทบวงมหาวิทยาลัยของรัฐ ดร.นิพนธ์ ศศิธร แต่ไม่สามารถติดต่อได้
ในการประชุมคณะรัฐมนตรีซึ่งจัดขึ้นเมื่อเช้าวันนั้น พลตรี ประมาณ อดิเรกสาร หัวหน้าพรรคชาติไทยและรองนายกรัฐมนตรี แถลงว่า ถึงเวลาแล้วที่จะขจัดขบวนการนักศึกษาเป็นครั้งสุดท้าย เมื่อเวลาประมาณ 5 นาฬิกา มีการยิงลูกระเบิดเอ็ม 79 ลงกลางสนามฟุตบอลมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ทำให้มีผู้เสียชีวิตและบาดเจ็บ ตำรวจตระเวนชายแดนปิดทางออกทั้งหมดเมื่อเวลาประมาณ 7 นาฬิกา รถบรรทุกของพุ่งเข้าชนประตูใหญ่และตำรวจเร่งรุดเข้าไปในมหาวิทยาลัยเมื่อเวลาประมาณ 11 นาฬิกา นักศึกษาหลายคนที่ติดอาวุธเปิดฉากยิง แต่พ่ายไปในเวลาอันสั้น แม้ว่านักศึกษาจะร้องขอให้หยุดยิง แต่พลตำรวจเอกชุมพล ผู้บัญชาการตำรวจ อนุญาตให้ยิงเสรีในมหาวิทยาลัย หน่วยตำรวจที่ปฏิบัติการมี 3 กลุ่ม คือ ตำรวจตระเวนชายแดน พลร่ม ภายใต้การบังคับบัญชาของพลตำรวจตรี กระจ่าง ผลเพิ่มและพลตำรวจตรี เสน่ห์ สิทธิพันธ์, ตำรวจกองปราบ ภายใต้การบังคับบัญชาของพลตำรวจตรี วิเชียร แสงแก้ว และกองปฏิบัติการพิเศษตำรวจนครบาล ภายใต้การบังคับบัญชาของพลตำรวจตรี เสริม จารุรัตน์ ทั้งหมดอยู่ภายใต้คำสั่งของพลตำรวจเอก ศรีสุข มหินทรเทพ อธิบดีกรมตำรวจ
นักศึกษาและประชาชนผู้ร่วมชุมนุมทั้งชายหญิงราว 1,000 คน ถูกบังคับให้ถอดเสื้อนอนลงกับพื้น (แม้ผู้หญิงยังได้รับอนุญาตให้สวมยกทรง) บังคับให้คลานไปตามพื้นสนามหญ้า ทั้งถูกเตะต่อยและรุมทำร้าย หลายคนถูกทุบตีจนเสียชีวิต มีการแขวนศพผู้ที่เสียชีวิตแล้วไว้กับต้นไม้ริมสนามหลวงแล้วเตะต่อย ทั้งถุยน้ำลายรดและตะโกนด่าสาปแช่ง มีการนำศพทั้งผู้ที่เสียชีวิตแล้วและบาดเจ็บสาหัสมาเผาสด ๆ ด้วยยางรถยนต์บริเวณหน้าอุทกทาน มีการตบตีและปล้นทรัพย์สินส่วนตัว จากนั้นตำรวจยิงปืนกลข้ามหัวนักศึกษาเข้าไปในตึกคณะบัญชี เย็นนั้น กลุ่มนวพลบางคนอวดเพื่อนว่า ตน "ล้วงผู้หญิงตามสบาย" ผู้พยายามกระโดดหนีลงแม่น้ำเจ้าพระยาถูกยิงจากเรือของกองทัพเรือ เผาทั้งเป็น ตอกไม้ทิ่มศพ ใช้ไม้ทำอนาจารกับศพผู้หญิง หรือปัสสาวะบนศพ มีนักศึกษาแพทย์และพยาบาลที่เป็นสมาชิกหน่วยอาสาสมัคร "พยาบาลเพื่อมวลชน" ถูกฆ่าตาย 5 คน วิมลวรรณ รุ่งทองใบสุรีย์ นักศึกษาพยาบาลศาสตร์ ถูกยิงขณะพยายามว่ายน้ำเข้าสู่ที่ปลอดภัย การสังหารหมู่ดำเนินไปถึงเที่ยง เมื่อพายุฝนขัดจังหวะ นิตยสารไทม์ อธิบายเหตุการณ์ดังกล่าวว่าเป็น "ฝันร้ายของการลงประชาทัณฑ์และการเผา" ใจ อึ๊งภากรณ์เขียนว่า มันเป็น "ความทารุณของอนารยธรรมอย่างยิ่งต่อนักเคลื่อนไหวกรรมกร นักศึกษาและชาวนา" สรรพสิริ วิรยสิริ ผู้อำนวยการสถานีโทรทัศน์ช่อง 9 ไปถ่ายภาพเพื่อ "เอาความจริงมาเปิดเผยให้คนรับรู้ นี่เป็นหน้าที่ของผม" เขาถูกปลดจากนั้นไม่นาน
มีการกล่าวหาว่าตำรวจและขบวนการกระทิงแดงข่มขืนนักศึกษาหญิงทั้งที่ยังมีชีวิตอยู่และเสียชีวิต ตัวเลขอย่างเป็นทางการบ่งว่า มีผู้เสียชีวิต 46 คน และบาดเจ็บ 167 คนป๋วย อึ๊งภากรณ์ อธิการบดีมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ขณะนั้น ให้ตัวเลขประมาณผู้เสียชีวิตอย่างไม่เป็นทางการกว่า 100 คน โดยอิงแหล่งข้อมูลนิรนามในสมาคมจงหัวแห่งประเทศไทย (Chinese Benevolent Association) ซึ่งกำจัดศพ
ช่วงเช้าวันเดียวกัน คณะรัฐมนตรีนัดประชุมเป็นการด่วนเพื่อประเมินสถานการณ์ โดยตามรายงานของ พลตำรวจเอก ชุมพล โลหะชาละ ระบุว่า ตำรวจซึ่งเข้าไปในมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ถูกนักศึกษาทำร้ายจนถึงแก่ชีวิต แต่รายงานของพลตำรวจเอก ศรีสุข มหินทรเทพ อธิบดีกรมตำรวจ กลับระบุว่า ขณะนี้เจ้าหน้าที่ตำรวจควบคุมสถานการณ์ไว้เรียบร้อยแล้ว จึงเกิดความสับสนว่าควรประกาศสถานการณ์ฉุกเฉินหรือไม่ โดยมีความเห็นออกเป็นสองฝ่ายคือ รัฐมนตรีฝ่ายพรรคประชาธิปัตย์ซึ่งเป็นแกนนำรัฐบาล ต้องการให้ประกาศ ส่วนรัฐมนตรีของพรรคชาติไทยและพรรคร่วมรัฐบาลอื่น ๆ เห็นว่าไม่ต้องประกาศ ทว่าสุดท้ายก็มิได้ประกาศสถานการณ์ฉุกเฉิน ขณะเดียวกัน ฝ่ายพลเรือเอก สงัด ชลออยู่ ผู้บัญชาการทหารสูงสุด ก็นัดประชุมคณะนายทหารระดับสูงที่กองบัญชาการทหารสูงสุด สนามเสือป่า โดยพลเรือเอกสงัดติดต่อไปยังนายทหารประจำตัวของหม่อมราชวงศ์เสนีย์เพื่อเชิญเข้าร่วมประชุมด้วย แต่ทางหม่อมราชวงศ์เสนีย์ยังไม่อาจเดินทางไปได้ เนื่องจากยังต้องกำกับดูแลสถานการณ์อยู่ที่ทำเนียบรัฐบาล
เวลาประมาณ 16.00 น. มีกลุ่มประชาชนเดินทางไปยังที่ทำการพรรคประชาธิปัตย์ ถนนพระอาทิตย์ เรียกร้องให้ปลดสมาชิกระดับสูง 3 คน ซึ่งเป็นรัฐมนตรีร่วมรัฐบาล ได้แก่ สุรินทร์ มาศดิตถ์ ดำรง ลัทธพิพัฒน์ และชวน หลีกภัย โดยนำเชือกไปด้วยเพื่อเตรียมแขวนคอบุคคลทั้งสาม เพราะเชื่อว่าฝักใฝ่คอมมิวนิสต์ ต่อมาประชาชนกลุ่มนี้ รวมถึงกลุ่มลูกเสือชาวบ้านและกลุ่มแม่บ้าน ก็เดินทางไปยังทำเนียบรัฐบาล แล้วปราศรัยโจมตีกลุ่มนักศึกษา และต่อมาก็พังประตูรั้วทำเนียบรัฐบาลด้วยรถบรรทุก 6 ล้อเข้าไปยังหน้าตึกบัญชาการ เรียกร้องให้นายกรัฐมนตรีลงมาพบ เมื่อหม่อมราชวงศ์เสนีย์ลงมาพบแล้ว ผู้ชุมนุมมีคำถามว่า รัฐบาลจะปลดบุคคลทั้งสามหรือไม่ หม่อมราชวงศ์เสนีย์ตอบว่า บุคคลทั้งสามใกล้ชิดกับตนมานานกว่าสิบปี ไม่เคยมีพฤติการณ์แสดงออกว่าฝักใฝ่คอมมิวนิสต์ แต่เพื่อความสงบของบ้านเมือง ตนจะขอให้ทั้งสามลาออกเอง จากนั้นมีผู้ตะโกนถามว่า หากบุคคลทั้งสามไม่ยอมลาออก จะทำอย่างไร หม่อมราชวงศ์เสนีย์ตอบว่า ถ้าเช่นนั้น ตนจะลาออกเอง ซึ่งการเจรจาช่วงนี้ ต่อมามีการตัดต่อเป็นว่า หม่อมราชวงศ์เสนีย์ไม่เคยทราบมาก่อนว่าบุคคลทั้งสามเป็นคอมมิวนิสต์ และจะยอมลาออกเองเพื่อความสงบของบ้านเมือง
เมื่อเสร็จสิ้นการเจรจาที่ทำเนียบรัฐบาลแล้ว หม่อมราชวงศ์เสนีย์เดินทางไปพบกับคณะนายทหารที่สนามเสือป่า โดยพลเรือเอกสงัดชี้แจงต่อหม่อมราชวงศ์เสนีย์ว่า เพื่อความสงบเรียบร้อยของบ้านเมือง ทหารกลุ่มตนมีความจำเป็นต้องรัฐประหาร ในเวลา 18:00 น. มิฉะนั้นจะมีทหารอีกกลุ่มหนึ่งก่อการในเวลา 04:00 น. ขอให้เข้าใจด้วย ทั้งยังขอให้หม่อมราชวงศ์เสนีย์เป็นประธานที่ประชุมหรือเป็นที่ปรึกษา ซึ่งหม่อมราชวงศ์เสนีย์ปฏิเสธไปทั้งหมด โดยให้เหตุผลว่าตนเดินคนละเส้นทางกับทหาร พลเรือเอกสงัดจึงขอให้หม่อมราชวงศ์เสนีย์ค้างคืนที่สนามเสือป่ากับฝ่ายทหารเป็นเวลาหนึ่งคืน หม่อมราชวงศ์เสนีย์ตกลง ก่อนขอตัวลากลับไปเมื่อรุ่งเช้า หม่อมราชวงศ์เสนีย์แต่งตั้งพลเรือเอกสงัดเป็นรัฐมนตรีว่าการกระทรวงกลาโหมในวันที่ 25 กันยายน คณะปฏิรูปการปกครองแผ่นดินเป็นกลุ่มนายทหารสายกลางซึ่งก่อการเพื่อป้องกันมิให้กลุ่มขวาจัดของพลตรีประมาณยึดอำนาจ ข้อเท็จจริงที่ว่าพลตำรวจเอกชุมพลเจตนาลงนามอนุญาตให้ยิงแสดงว่าเขาทราบว่าจะมีรัฐประหาร เพราะรัฐบาลพลเรือนจะสั่งดำเนินคดีต่อเขา
ภายหลังรัฐประหารคณะปฏิรูปการปกครองแผ่นดิน ได้ออกคำสั่งฉบับที่ 1 ประกาศกฎอัยการศึกทั่วราชอาณาจักรเวลา 19.10 น.
ป๋วย อึ๊งภากรณ์ เขียนบทความ "ความรุนแรงและรัฐประหาร 6 ตุลาคม 2519" ตั้งข้อสังเกตว่า มี 2 ฝ่ายต้องการรัฐประหารในสมัยนั้น โดยฝ่ายหนึ่งชิงรัฐประหารในเย็นวันที่ 6 ตุลาคม 2519 ตัดหน้าอีกฝ่ายหนึ่ง ซึ่งชัยอนันต์ สมุทวณิชกับเดวิด มอร์เรล อธิบายว่า พรรคชาติไทย พรรคประชาธิปัตย์ฝ่ายขวา และนายทหารที่ใกล้ชิดกับจอมพลประภาส-ถนอมวางแผนก่อเรื่องเพื่อเป็นข้ออ้างรัฐประหาร โดยนำสองจอมพลดังกล่าวกลับประเทศเป็นส่วนหนึ่งของแผนด้วย แต่ "คณะปฏิรูปการปกครองแผ่นดิน" คณะรัฐประหารในวันที่ 6 ตุลาคม 2519 เป็นอีกกลุ่มหนึ่งซึ่งไม่เห็นด้วยกับกลุ่มแรก ซึ่งฤดี เริงชัยเสนอว่า เหตุการณ์นี้อาจน่าสยดสยองขึ้นหากไม่มีรัฐประหารดังกล่าว
สุธาชัย ยิ้มประเสริฐ เขียนว่า ตัวการปราบปรามนักศึกษา น่าจะเป็นกลุ่มซึ่งทราบภายหลังว่าเป็นกลุ่มพลเอกฉลาดและพลโทวิทูรย์ และเตรียมก่อการรัฐประหารในเวลาดึก
รัฐประหารครั้งนี้ได้รับการต้อนรับด้วยความโล่งใจอย่างกว้างขวางเพราะวิกฤตการณ์ซึ่งเกิดขึ้นจากการกลับประเทศของจอมพลถนอมได้สร้างความวิตกกังวลใหญ่หลวง แฮนด์ลีย์เขียนว่า "มันเป็นรูปแบบของรัฐประหารที่ผ่านมาหลายครั้ง...เริ่มความรุนแรง ทิ้งให้ตำรวจแสดงให้เห็นว่าไม่สามารถสถาปนาระเบียบได้ จากนั้นปล่อยให้ทหารก้าวเข้ามา" ความเดือดดาลอันเกิดจากภาพถ่ายการแสดงล้อการแขวนคอได้นำส่วนที่เกิดเอง แต่รูปแบบการฝึกและการเกณฑ์กำลังกึ่งทหารในช่วงปีที่ผ่านมาแสดงให้เห็นว่าความรุนแรงต่อฝ่ายซ้ายมีการวางแผนล่วงหน้าเป็นอย่างดี แฮนด์ลีย์ยังเขียนว่า สี่วันหลังการสังหารหมู่ สมเด็จพระบรมโอรสาธิราชฯ สยามมกุฎราชกุมารพระราชทานรางวัลแก่บุคลากรกึ่งทหารที่เกี่ยวข้อง
คณะปฏิรูปการปกครองแผ่นดินแต่งตั้งธานินทร์ กรัยวิเชียร ที่พระมหากษัตริย์โปรด เป็นนายกรัฐมนตรี ธานินทร์เลือกคณะรัฐมนตรีด้วยตัวเองโดยไม่สนใจรายชื่อของคณะผู้ยึดอำนาจการปกครอง รวมทั้งสมัครเป็นรัฐมนตรีว่าการกระทรวงมหาดไทย พลเรือเอกสงัดคงเป็นรัฐมนตรีว่าการกระทรวงกลาโหมและผู้บัญชาการทหารบกที่เพิ่งเกษียณ พลเอกบุญชัย ได้รับแต่งตั้งเป็นรองนายกรัฐมนตรี มีการล้อมจับผู้ต้องสงสัยฝ่ายซ้ายสามพันคน สื่อทั้งหมดถูกตรวจพิจารณา และสมาชิกในองค์การคอมมิวนิสต์ถูกลงโทษประหารชีวิต มีการกวาดล้างครอบคลุมมหาวิทยาลัย สื่อและบริการสาธารณะ รัฐบาลสั่งห้ามเผยแพร่ภาพเหตุการณ์ทั้งหมด ตลอดจนเรื่องราวของเหตุการณ์โดยเด็ดขาด ตามคำสั่งรัฐมนตรีว่าการกระทรวงมหาดไทย สมัคร สุนทรเวช รวมถึงคณะปฏิรูปฯ ยังมีคำสั่งห้ามจำหน่ายหนังสือพิมพ์แทบทุกฉบับ เป็นเวลา 3 วันหลังเหตุการณ์ และตรวจสอบเนื้อหาของสื่อมวลชนอีกหลายประการ ทั้งยกเลิกการสอนเรื่องการเมืองในโรงเรียนต่าง ๆ อีกด้วย ประชาธิปไตยค่อย ๆ ได้รับการฟื้นฟูภายในโครงการ 12 ปี รัฐบาลชุดนี้เป็นชุดที่นิยมเจ้าและต่อต้านฝ่ายซ้ายดุดันที่สุดในประวัติศาสตร์ไทย แต่ก็ปราบปรามการฉ้อราษฎร์บังหลวงอย่างหนักด้วย ฝ่ายซ้ายเมืองราว 800 คนหลบหนีไปยังพื้นที่ชายแดนซึ่งคอมมิวนิสต์ควบคุมอยู่หลังรัฐประหาร มีการโจมตีกองโจรเป็นระลอกตามมา ซึ่งเพิ่มถึงขีดสุดในต้น พ.ศ. 2520
ไม่ช้า ลัทธิคลั่งชาติของธานินทร์ก็ได้บาดหมางกับแทบทุกภาคส่วนของสังคมไทย ทั้งรัฐบาลยังถูกวิจารณ์ว่ามีแนวคิดขวาจัด ดำเนินแนวนโยบายรุนแรง ส่งผลให้มีนักศึกษาจำนวนมากต้องหลบหนีเข้าป่าไปร่วมกับพรรคคอมมิวนิสต์แห่งประเทศไทย ซึ่งต่อมาก็ปะทะกับเจ้าหน้าที่รัฐหลายครั้งจนมีผู้เสียชีวิตเป็นอันมาก อีกทั้งเสถียรภาพ ของรัฐบาลเองก็ไม่มั่นคง เพราะถูกครอบงำจากคณะนายทหาร จึงมีความหวาดหวั่นกันว่าจะมีการรัฐประหารซ้อนเกิดขึ้น จนเช้าวันที่ 26 มีนาคม พ.ศ. 2520 มีความพยายามรัฐประหารโดยมีพลเอก ฉลาด หิรัญศิริ อดีตรองผู้บัญชาการทหารบก เป็นผู้นำ ซึ่งเชื่อกันว่าเป็นนายทหารอีกคณะหนึ่งที่จะรัฐประหารซ้อนคณะของพลเรือเอกสงัด แต่กระทำการไม่สำเร็จ พลเอกฉลาดถูกประหารชีวิต ฐานเป็นกบฏในราชอาณาจักร รัฐบาลชุดนี้สิ้นสุดลงด้วยรัฐประหาร นำโดยพลเรือเอก สงัด ชลออยู่ โดยอ้างถึงความมั่นคงของรัฐ และความล่าช้าในการร่างรัฐธรรมนูญ
หลังเหตุการณ์ ไม่มีการจับกุมผู้ลงมือฆ่า แต่นักศึกษาและประชาชนที่รอดชีวิต 3,094 คนถูกจับกุมภายในวันนั้น ผู้ถูกจับกุมเกือบทุกคนถูกตำรวจรุมซ้อมเมื่อมาถึงสถานที่คุมขัง นอกจากนี้ ยังมีพยานว่า ตำรวจเรียกผู้ถูกจับกุมว่า "เชลย" อันสื่อว่า ตำรวจกำลังทำสงครามกับนักศึกษา ต่อมา ส่วนใหญ่ได้รับประกันตัว แต่ยังเหลือ 27 คนถูกอายัดตัวเพื่อดำเนินคดี พลเอก เกรียงศักดิ์ ชมะนันทน์ นายกรัฐมนตรีสมัยที่ปล่อยตัวผู้ต้องหากล่าวว่า "แล้วก็ให้แล้วกันไป ลืมมันเสียเถิดนะ" ส่วนผู้ฆ่าได้รับความดีความชอบในฐานะผู้พิทักษ์ชาติ ศาสนา พระมหากษัตริย์
มีแกนนำนักศึกษาและประชาชนถูกตั้งข้อกล่าวหาใน "คดี 6 ตุลาคม" สุวรรณ แสงประทุมกับพวกรวม 18 คนถูกตั้งข้อกล่าวหาก่อกบฏ ก่อจลาจล ต่อสู้และพยายามฆ่าเจ้าหน้าที่รัฐ และรวมกันกระทำการอันเป็นคอมมิวนิสต์ คดีเริ่มในศาลทหารเมื่อวันที่ 25 สิงหาคม 2520 รัฐบาลกำหนดให้ต้องหาไม่มีสิทธิใช้ทนายความพลเรือน ต่อมา หลังการกดดันทั้งในและต่างประเทศและรัฐบาลธานินทร์ล้มไป จำเลยจึงมีสิทธิแต่งตั้งทนายความพลเรือน คดีนี้ยังกลายเป็นเวทีของประชาชนในการประท้วงนอกศาลเรื่องสิทธิเสรีภาพด้วย รัฐบาลจึงรีบนิรโทษกรรมผู้ต้องหาทั้งหมดในวันที่ 15 กันยายน 2521 ก่อนข้อมูลจะรั่วสู่สาธารณะ และคงเป็นความต้องการของรัฐบาลในการปกป้องเจ้าหน้าที่รัฐที่ใช้ความรุนแรงจากการฟ้องร้องในอนาคตด้วย
เหตุผลที่เจ้าหน้าที่ฝ่ายรัฐเสนอเพื่อสร้างความชอบธรรมในการปราบปรามนักศึกษาและประชาชนในวันที่ 6 ตุลาคม 2519 ได้แก่
ไม่มีผู้ก่อการคนใดถูกนำตัวเข้าสู่กระบวนการยุติธรรมและประเด็นดังกล่าวมีความละเอียดอย่างยิ่งในประเทศไทย สมาชิกคณะผู้ยึดอำนาจการปกครองได้รับการนิรโทษกรรม แต่ไม่มีการห้ามดำเนินคดีกับบุคคลอื่นที่เกี่ยวข้องตามกฎหมาย หนังสือเรียนประวัติศาสตร์สมัยใหม่ในประเทศไทยจำนวนมากข้ามเหตุการณ์นี้ไปทั้งหมด หรือรวมรายงานด้านเดียวของตำรวจในขณะนั้นซึ่งอ้างว่าผู้ประท้วงนักศึกษาก่อเหตุรุนแรง บางเล่มลดความสำคัญของการสังหารหมู่ลงเป็นเพียง "ความเข้าใจผิด" ระหว่างสองฝ่าย ขณะที่แม้แต่เล่มที่แม่นที่สุดก็ยังเป็นเหตุการณ์ฉบับที่ลดความรุนแรงลง
ศาสตราจารย์ ดร. ธงชัย วินิจจะกูล เสนอเหตุผล 4 ประการที่ทำให้ไม่มีประวัติศาสตร์สาธารณะของเหตุการณ์ 6 ตุลา ดังนี้
ในเดือนตุลาคม 2537 พันตำรวจตรี มนัส สัตยารักษ์ เขียนบทความชื่อ "รำลึก 6 ตุลาคม 2519 วันวังเวง" ในมติชนสุดสัปดาห์ มีใจความว่า ตำรวจใช้กำลังเกินกว่าเหตุทั้งการใช้อาวุธและการควบคุมนักศึกษา เขาว่า "ตำรวจที่อยู่รอบนอก [มหาวิทยาลัย] ใช้อาวุธปืนประจำตัวยิงเข้าไปในมหาวิทยาลัยโดยไม่ได้หวังผลอะไรมากไปกว่าสร้างความพอใจให้แก่ตัวเอง" เขายังว่า การชุมนุมของนักศึกษาเป็นไปโดยสงบตลอด ซึ่งชี้ว่า นักศึกษาบริสุทธิ์และตำรวจบางนายไม่เห็นด้วยกับวิธีการปราบปรามในวันนั้น
มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์จัดงานประจำขึ้นทุกปีเพื่อจัดแสดงหนังสือพิมพ์ที่แสดงความชั่วร้าย ร่วมกับรายงานของพยานและบันทึกประวัติศาสตร์ มีการสร้างประติมากรรมอนสรณ์ในมหาวิทยาลัยใน พ.ศ. 2539
สมัครได้รับเลือกตั้งเป็นนายกรัฐมนตรีใน พ.ศ. 2551 เมื่อมีการตั้งคำถามถึงบทบาทของเขา เขาว่า "มีผู้เสียชีวิตเพียงคนเดียว" และการเสียชีวิตนั้นเป็นอุบัติเหตุ ในการให้สัมภาษณ์กับสำนักข่าวซีเอ็นเอ็น ซึ่งออกอากาศวันที่ 9 และ 10 กุมภาพันธ์ ปีเดียวกัน เขาตอบคำถามเกี่ยวกับการสังหารหมู่โดยกล่าวว่า เขาเป็น "คนนอกในขณะนั้น" เขาอ้างถึง "ชายโชคร้ายคนหนึ่งถูกทุบตีและเผาที่สนามหลวง" (เป็นการอ้างถึงศิลปิน มนัส เศียรสิงห์ ซึ่งร่างถูกลากออกมาจากกองศพและถูกตัดแขนขาต่อหน้าผู้เห็นเหตุการณ์ที่ยืนเชียร์)
มีผู้เสียชีวิต เป็นศพถูกเผา ระบุเพศไม่ได้ 4 คน, เป็นศพชายไทยไม่ทราบชื่อ 6 คน, ผูกคอตายขณะเป็นผู้ต้องหา 1 คนคือ วันชาติ ศรีจันทร์สุข คงเหลือเป็นศพที่ระบุชื่อได้ จำนวน 30 คน ดังนี้
